Сообщается, что роль Мирзиёева в урегулировании пограничного спора между Кыргызстаном и Таджикистаном была значительной.

Во второй части документального фильма «Президент», показанной на местном телеканале «Регион ТВ», президент Кыргызстана Садыр Жапаров рассказал о том, как был урегулирован пограничный спор с Таджикистаном в 2021-2022 годах, и о значительной роли, которую в этом сыграл Шавкат Мирзиёев. Он отметил, что после возникшего в апреле 2021 года спора он провел переговоры с президентом Таджикистана Эмомали Рахмоном, но первоначальные 10-часовые переговоры оказались неэффективными, после чего Мирзиёев убедил лидеров Кыргызстана и Таджикистана «достичь соглашения, не упуская возможности».
Министр иностранных дел Кыргызстана Жээнбек Кулубаев также признал Мирзиёева одним из лидеров, сближающих страны Центральной Азии.

«Пусть придут киргизы и таджики, прекратите пограничные споры. Если споры продолжатся, к нам не приедут инвесторы и туристы. У всех нас есть слово «Стамбул», они не понимают, Киргизия это, Таджикистан, Узбекистан или Казахстан. После того, как скажешь «Стамбул», к нам никто не приедет, вы должны подходить к нам вот так», — говорит министр.

В апреле 2021 года и сентябре 2022 года споры об использовании водных ресурсов на границе между Таджикистаном и Киргизидом привели к военным столкновениям, в результате которых погибли десятки людей. В марте 2025 года Жапаров и Рахмон достигли и подписали соглашение о делимитации и демаркации границы. Позже в Худжанде с участием лидеров Узбекистана, Таджикистана и Киргизии была торжественно открыта стела «Дружба».